Bei Sonderwerkzeugen handelt es sich um spezielle Werkzeuge, die nach individuellen Kundenwünschen hergestellt werden. Sie kommen vor allem dann zum Einsatz, wenn eine Fertigungsaufgabe mit Standardwerkzeugen nicht mehr bewältigt werden kann. Das ist z. B. dann der Fall, wenn die Bearbeitungsaufgabe zu komplex für Standardwerkzeuge ist, oder wenn geringere Zykluszeigen gewünscht sind. In der Praxis müssen dann mehrere Werkzeuge verwendet werden, was längere Stillstandzeiten, mehr Verschleiß und eine höhere Fehleranfälligkeit nach sich zieht.
Ein Sonderwerkzeug ist in diesem Fall eine Alternative. Hier handelt es sich um Werkzeuge, die speziell für den individuellen Bedarf gefertigt sind. Hier kann es sich z. B. um eine Mischung verschiedener Werkzeuge handeln, mit dem sich mehrere Arbeitsgänge ohne Stillstandzeit durchführen lassen. Es gibt aber auch Sonderwerkzeuge für einzelne Arbeitsschritte, deren Geometrien mit besonderen Extras versehen sind. Auch Sonderwerkzeuge aus verschiedenen Materialien wie Hartmetall lassen sich ganz nach dem Kundenwunsch herstellen.
Aufgrund ihrer praktisch grenzenlosen Formenvielfalt kommen Sonderfräser vor allem dort zum Einsatz, wo es um komplexe Fräs- und Bohrprozesse und hohe Schnittgeschwindigkeiten geht. Ein häufiges Einsatzgebiet ist beispielsweise der Stufenbohrer. Hier bietet ein Sonderwerkzeug eine große Zeitersparnis, weil sich alle Stufen in einem Arbeitsgang herstellen lassen und weil sie bei Hochleistungswerkstoffen eine sehr lange Standzeit aufweisen. Ein weiterer Einsatzbereich sind beispielsweise Reib- und Formwerkzeuge, mit denen sich bestimmte Geometrien und Formen in einem Arbeitsgang herstellen lassen.